培訓是加盟體系維系合格服務品質的重要法寶，但不少總部所規定的培訓內容，加店不是不來上課就是不愿意配合，致使總部的美意落實。于是，總部與加盟店之間，也會因此而起爭執。
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　　不了解加盟體系的人，或許會有疑問？特許加盟不就是加盟店交了費用后，使用總部的品牌做生意，怎么會跟培訓扯上關系呢？事實上，總部的經營理念、營運方式，以及日后的革新措施，如果沒有透過培訓來落實到眾多加盟店的營運上，整個體系的步調與作風，恐怕會南轅北轍。

　　另外，加盟店對總部培訓的抱怨，通常出自于培訓經費分攤的問題，如果當初在合同中，對于之后的費用沒有注明清楚是否包含在加盟金、權利金，或是其他定期上交費用之中，日后總部要求加盟店交培訓費時，加盟店常會發生極大的反應。此外，即使合同已有規定包含培訓費用，總部與加盟店之間還會因為培訓期間的材料費、交通費、膳宿等細節的計算和補貼，爭執不休。

　　事實上，特許加盟體系的一大特色，就是總部會對旗下的加盟店與員工，進行經常性的培訓。一般來說，總部除了初期的密集式培訓外，還會隨時針對新產品、新技術、新方法的采用，要求加盟店來上課，以便讓加盟體系可以更順利地按照新的經營方式運作下去。